Est-elle la fille de Ti (Tiyi), connue pour avoir été sa nourrice et de l'époux de celle-ci, Ay (Aï, futur Pharaon, succéseur de Tout Ankh Amon)?
Cependant, son nom, Nefertiti veut dire"La Belle est venue", indiquant peut-être une origine étrangère à l'Egypte, probablement venant du Mitanni, situé entre le Caucase et la Mésopotamie.
Ou bien elle est Egyptienne, issue d'une famille de petite noblesse. Son nom de reine, Nefer Neferou Aton (belle dans la beauté d'Aton),dont Nefertiti est le diminutif (les Egyptiens disaient "le joli nom"), glorifie sa beauté.
Amenophis IV a douze ans lorsqu'on le marie à cette jolie princesse. Mais elle n'est pas que belle, elle est aussi une femme volontaire et gouverne le pays, imposant ses idées à son époux.
Elle l'aide pour developper la nouvelle religion consacrée à Aton et à bâtir la nouvelle cité.
Elle officie, aux cotés de son mari, qui porte le titre de"grand prêtre d'Aton", et souvent de ses filles, aux cérémonies religieuses.
Mais Akhenaton est fragile, instable et lorsque, sous les pressions de ses proches, il abandonne Akhet Aton, "L'Horizon d'Aton",pour retourner s'installer à Thébes et faire la paix avec le clergé d'Amon, elle refuse de l'accompagner et reste seule dans cette ville fantôme, en compagnie de quelques suivantes et du jeune Tout Ankh Aton(futur Tout Ankh Amon) qu'elle a adopté, bien qu'il ne soit pas son fils mais probablement celui de son mari avec une épouse secondaire, Kuya.